政府补助是指企业从政府无偿取得货币性资产或非货币性资产。
政府专项资金是企业接受政府及部门拨入的具有专门用途的款项，不需要企业以资产或增加其他负债偿还。
二者相同之处：都属于财政性资金。
二者区别在于：
一、两者的性质有所不同。政府拨入专项资金属于所有者投入的资本；而政府补助准则所适用的是政府无偿给予的资产。这是两者的根本区别。专项资金是国家以投资者身份向企业投入资本（不一定必须股权登记），享有企业相应的所有权，企业有义务向投资者分配利润，国家与企业之间是投资者与被投资者的关系。
二、两者的形式有所不同。政府专项资金是具有专项用途的资金，一般均为收到的政府拨入的货币资金。而政府补助是企业从政府或部门无偿取得的资金或非货币性资产，即可以是以货币资金投入，也可以是政府无偿给予企业的长期非货币性资产，比如:行政划拨的土地使用权、机器设备等。
三、专项应付款使用后形成资产，记入资本公积，影响企业的所有者权益。企业收到的政府补助则包括四种类型:与资产相关、与日常活动相关的除与资产相关的政府补助之外的政府补助、与销售商品提供服务等活动密切相关的政府补助、与日常活动无关的政府对非日常活动给予的救济补助等。在采用总额法对政府补助进行核算时，这四种类型的政府补助都将对企业的利润产生影响。
四、会计处理不同。企业收到专项应付款时，借记“银行存款”，贷记“专项应付款”；企业将专项的拨款用于工程项目时，借记“在建工程”，贷记“银行存款”；企业待工程项目完工形成长期资产时，应按实际成本，借记“固定资产”等科目，贷记“在建工程”等科目，同时借记“专项应付款”，贷记“资本公积——资本溢价”；对未形成长期资产需要核销的部分，借记“专项应付款”，贷记“在建工程”。拨款项目完成后，如有拨款结余需要上交的，借记“专项应付款”科目，贷记“银行存款”科目；如拨款结余不需要上交的，借记“专项应付款”科目，贷记“公积公益金”科目。政府补助的核算内容较之“专项应付款”更加复杂。具体核算如下：
1.与资产相关的政府补助：企业收到与资产相关的政府补助时，将补助资金的金额冲减相关资产账面价值，企业按照扣减了政府补助后的资产价值对相关资产计提折旧或进行摊销，即净额法核算；企业将政府补助用于购建长期资产并且确认为递延收益的，应自相关资产达到预定可使用状态时起，在相关资产使用寿命内按照合理系统的方法分期计入损益（ 包括其他收益和营业外收入 ）。相关资产在使用寿命结束前被出售、转让、报废或发生毁损的，应当将尚未分配的相关递延收益余额一次性转入资产处置当期的损益，不再予以递延。该核算方法为全额法。是全额法核算还是净额法核算，由企业自行确定。
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2. 与日常活动相关的除与资产相关的政府补助之外的政府补助：在收到与收益相关且用于补偿企业以后期间的相关成本费用或损失的政府补助时，首先判断企业能否满足政府补助所附条件。如果暂时无法确定能否满足政府补助所附条件，则应当先作为预收款项计入“其他应付款”科目，待客观情况表明企业能够满足政府补助所附条件后，再确认为递延收益；如果客观情况表明企业能够满足政府补助所附条件，则应当直接确认为递延收益，并在确认相关费用或损失的期间，计入当期损益或冲减相关成本。
在收到与收益相关且用于补偿企业已经发生的相关成本费用或损失的政府补助时，这类补偿与企业已经发生的行为有关，是对企业已发生的成本费用或损失的补偿，或是对企业过去行为的奖励。在总额法下直接计入“其他收益”。在净额法下：冲减当期的成本或费用（视不同情况分别冲减主营业务成本、期间费用或者生产成本）。
3.与销售商品提供服务等活动密切相关的政府补助：适用于收入准则，确认为当期的营业收入。
4.与日常活动无关的政府补助：一般来与企业日常活动无关的政府补助，直接计入营业外收支。
五、企业所得税处理不同。政府拨入专项资金在“专项应付款”中核算，为国家作为所有者的权益性投资，根据“财税[2008]151号”文件规定，企业取得的各类财政性资金，除属于国家投资和资金使用后要求归还本金的以外，均应计入企业当年收入总额。故对于“专项应付款”使用后不用征企业所得税，相关费用支出也是可以税前扣除的。对于政府补助的税务处理，一般包括两方面：
一是作为不征税收入：其政策依据为“财税[2011] 70号”文件规定，企业从县级以上各级人民政府财政部门及其他部门取得的应计入收入总额的财政性资金，如果符合作为不征税收入的条件（①企业能够提供规定资金专项用途的资金拨付文件；②财政部门或其他拨付资金的政府部门对该资金有专门的资金管理办法或具体管理要求；③企业对该资金以及以该资金发生的支出单独进行核算。），则可作为不征税收入，与此相关的成本费用不得税前扣除。在5年（60个月）内未发生支出且未缴回财政部门或其他拨付资金的政府部门的部分，应计入取得该资金第六年的应税收入总额；计入应税收入总额的财政性资金发生的支出，允许在计算应纳税所得额时扣除。不征税收入形成的资产需建立台账管理，以便于所得税汇算清缴时做纳税调整及资金拨付部门的检查。
二是作为征税收入：如果收到的政府补助不符合“财税[2011] 70号”作为不征税收入的条件，则根据国家税务总局“2010年第19号”公告，企业取得的接受捐赠收入，除另有规定外，均应一次性计入确认收入的年度计算缴纳企业所得税。政府补助如果确认为征税收入，则应征企业所得税，相关费用支出可以税前扣除。
应当注意：政府补助收入确认在税会上的差异。政府补助同时满足下列条件的，才能予以确认：企业能够满足政府补助所附条件;企业能够收到政府补助。在税务处理上，一般来说，应在实际收到政府补助时再计入收入总额，即应按收付实现制确认收入的实现，因为企业实际收到款项时才具有纳税能力。在企业能够收到政府补助，但尚未收到政府补助时，在税收上不应确认收入的实现。但根据《 国家税务总局关于企业所得税若干政策征管口径问题的公告 》（国家税务总局公告2021年第17号）第六条规定，自2021年度起，企业取得与经营直接相关的财政资金收入，应按权责发生制确认；取得与经营不直接相关的收入，应按收付实现制确认。
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